list file

The file ending in “list” contains data indicating the sequences that cluster together within an OTU. Like the rabund and sabund files, the first column represents the distance that sequences were assigned to OTUs. If you are making your own rabund file you can make the label anything without spaces. The number in the second column is the number of OTUs that have been formed. Subsequent columns contain the names of sequences within each OTU separated by a comma. At this time these are not sorted according to any rule.

Sample output of 98_sq_phylip_amazon.fn.list, which can be download in the AmazonData.zip file:

unique 96  U68589  U68590  U68591  U68592  U68593  U68594  U68595  U68596  U68597  U68598  U68599  U68600
   U68601  U68602  U68603  U68605  U68606  U68607  U68608  U68609  U68610  U68611  U68612  U68613  U68614
   U68615  U68616  U68617  U68620,U68618   U68619  U68621  U68622  U68623  U68624  U68625  U68626  U68627
   U68628  U68629  U68630  U68631  U68632  U68633  U68634  U68635  U68636  U68637  U68638  U68639  U68640
   U68667,U68641   U68642  U68643  U68644  U68645  U68646  U68647  U68648  U68649  U68651  U68652  U68653
   U68654  U68655  U68656  U68657  U68658  U68659  U68660  U68661  U68662  U68663  U68664  U68665  U68666
   U68668  U68669  U68670  U68671  U68672  U68673  U68674  U68675  U68676  U68677  U68678  U68679  U68680
   U68681  U68682  U68683  U68684  U68685  U68686  U68687  U68688  
0.00   95  U68589  U68590  U68591  U68592  U68593  U68594  U68595  U68596  U68597  U68598  U68599  U68600
   U68601  U68602  U68603  U68605  U68606  U68607  U68608  U68609  U68610  U68611  U68612  U68613  U68614
   U68680,U68615   U68616  U68617  U68620,U68618   U68619  U68621  U68622  U68623  U68624  U68625  U68626
   U68627  U68628  U68629  U68630  U68631  U68632  U68633  U68634  U68635  U68636  U68637  U68638  U68639
   U68640  U68667,U68641   U68642  U68643  U68644  U68645  U68646  U68647  U68648  U68649  U68651  U68652
   U68653  U68654  U68655  U68656  U68657  U68658  U68659  U68660  U68661  U68662  U68663  U68664  U68665
   U68666  U68668  U68669  U68670  U68671  U68672  U68673  U68674  U68675  U68676  U68677  U68678  U68679
   U68681  U68682  U68683  U68684  U68685  U68686  U68687  U68688  
0.01   93  U68589  U68590  U68591  U68592  U68593  U68594  U68595  U68596  U68597  U68598  U68599  U68600
   U68601  U68602  U68603  U68605  U68606  U68607  U68608  U68609  U68610  U68611  U68612  U68613  U68614
   U68680,U68615   U68616  U68617  U68620,U68618   U68619  U68621  U68622  U68623  U68624  U68625  U68626
   U68627  U68628  U68629  U68630  U68636,U68631   U68632  U68633  U68634  U68635  U68637  U68638  U68639
   U68640  U68667,U68641   U68642  U68643  U68644  U68645  U68646  U68647  U68648  U68649  U68651  U68652
   U68653  U68654  U68655  U68656  U68657  U68658  U68659  U68660  U68661  U68662  U68663  U68664
   U68688,U68665   U68666  U68668  U68669  U68670  U68671  U68672  U68673  U68674  U68675  U68676  U68677
   U68678  U68679  U68681  U68682  U68683  U68684  U68685  U68686  U68687  
...