merge.taxsummary

The merge.taxsummary command will merge *.tax.summary files.

Default Settings

The merge.taxsummary command has 2 parameters: input and output. The input parameter is used to list the .tax.summary files you wish to merge separated by dashes. The output parameter is used to provide a name for the resulting merged file.

mothur > merge.taxsummary(input=final.tax.summary-abrecovery.tax.summary, output=merge.tax.summary)

Here is a sample from final.tax.summary:

taxlevel    rankID  taxon   daughterlevels  total  F003D000    F003D002    F003D004    F003D006 ...    
0  0   Root    1   64051   5760    5155    5280    6440    ... 
1  0.2 Bacteria    9   64051   5760    5155    5280    6440    ... 
2  0.2.2   "Actinobacteria"    1   392 7   2   1   0   ...
3  0.2.2.1 Actinobacteria  3   392 7   2   1   0   ...
4  0.2.2.1.2   Actinomycetales 4   347 1   0   0   0   ...
5  0.2.2.1.2.2 Actinomycetaceae    1   54  0   0   0   0   ...
6  0.2.2.1.2.2.2   Actinomyces 0   54  0   0   0   0   ...
5  0.2.2.1.2.10    Corynebacteriaceae  1   1   1   0   0   0 ...
6  0.2.2.1.2.10.1  Corynebacterium 0   1   1   0   0   0   ...
5  0.2.2.1.2.34    Propionibacteriaceae    1   288 0   0   0   0   ...
6  0.2.2.1.2.34.9  Propionibacterium   0   288 0   0   0   0   ...
...

Here is a sample from abrecovery.tax.summary:

taxlevel    rankID  taxon   daughterlevels  total  A   B   C   
0  0   Root    1   242 84  84  74  
1  0.2 Bacteria    6   242 84  84  74  
2  0.2.2   "Actinobacteria"    1   13  0   13  0   
3  0.2.2.1 Actinobacteria  1   13  0   13  0   
4  0.2.2.1.3   Bifidobacteriales   1   13  0   13  0   
5  0.2.2.1.3.1 Bifidobacteriaceae  1   13  0   13  0   
6  0.2.2.1.3.1.3   Bifidobacterium 0   13  0   13  0   
2  0.2.5   "Bacteroidetes" 1   81  38  14  29  
3  0.2.5.2 "Bacteroidia"   1   81  38  14  29  
4  0.2.5.2.1   "Bacteroidales" 2   81  38  14  29  
5  0.2.5.2.1.3 "Porphyromonadaceae"    1   26  1   0   25  
...

Here is a sample from merge.tax.summary:

taxlevel    rankID  taxon   daughterlevels  total  A   B   C   F003D000    F003D002 ...    
0  0   Root    1   64293   84  84  74  5760    5155    ...
1  0.1 Bacteria    9   64293   84  84  74  5760    5155    ...
2  0.1.1   "Actinobacteria"    1   405 0   13  0   7   2   ...
3  0.1.1.1 Actinobacteria  3   405 0   13  0   7   2   ...
4  0.1.1.1.1   Actinomycetales 4   347 0   0   0   1   0   ...
5  0.1.1.1.1.1 Actinomycetaceae    1   54  0   0   0   0   0   ...
6  0.1.1.1.1.1.1   Actinomyces 0   54  0   0   0   0   0   ...
5  0.1.1.1.1.2 Corynebacteriaceae  1   1   0   0   0   1   0   ...
6  0.1.1.1.1.2.1   Corynebacterium 0   1   0   0   0   1   0   ...
5  0.1.1.1.1.3 Propionibacteriaceae    1   288 0   0   0   0   0   ...
6  0.1.1.1.1.3.1   Propionibacterium   0   288 0   0   0   0   0   ...
...

Revisions

  • 1.30.0 First Introduced